請求書や領収書をメールで受け取ったり、インターネットからダウンロードしたりすることが増えました。こうした電子データでやり取りした書類は、電子帳簿保存法により、電子データのまま保存することが求められています。この記事では、保存のルールと、実務で迷いやすい「検索要件の免除」「猶予措置」「届出」「加算税」の取扱いを整理します。
対象になる「電子取引」とは
取引に関する情報を電子データでやり取りすることを「電子取引」といいます。売上や仕入だけでなく、水道光熱費や旅費交通費などの経費に関するものも対象です。例えば、次のようなものが当てはまります。
- メールに添付されたPDFの請求書・領収書
- インターネットの通販サイトからダウンロードした領収書
- クラウドサービスを通じて受け取った請求書
- クレジットカードの利用明細データ、インターネットバンキングの振込データ
紙に印刷して保存するだけでは足りない
令和6年1月1日以後に行う電子取引のデータは、紙に印刷して保存することで、電子データの保存に代えることはできません。受け取った電子データそのものを、決められたルールに沿って保存する必要があります。
保存のルールは3つ
- 改ざんを防ぐための措置をとる(タイムスタンプ、訂正・削除の記録が残るシステムの利用、訂正・削除の防止に関する事務処理規程の作成・運用のいずれか)
- 保存したデータを確認するためのディスプレイやプリンタ等を備え付ける
- 「取引年月日」「取引金額」「取引先」で検索できるようにする
検索要件が不要になる場合
3つ目の検索の要件は、次のどちらかに当てはまり、かつ、税務調査の際に電子データのダウンロードの求めに応じられるようにしている場合には、満たす必要がありません。
- 基準期間の売上高が5,000万円以下の場合
個人事業者は前々年、法人は前々事業年度の売上高で判定します。新しく開業・設立した場合のように基準期間がないときも当てはまります。なお、ここでいう売上高は、消費税の課税売上高とは異なり非課税の売上も含む一方、営業外収益や特別利益は含みません。 - 電子データを印刷した書面を整理している場合
課税期間ごとに、取引年月日と取引先の順に整理した書面を、税務調査の際にすぐに提示・提出できるようにしておく方法です。調査のときになって慌てて整理するのではなく、日頃から印刷・整理しておくことが求められます。
検索の要件を満たす必要がある場合でも、専用のシステムは必須ではありません。表計算ソフトで「日付・金額・取引先」を入力した索引簿を作る方法や、ファイル名を「取引年月日_金額_取引先」のようにそろえて一つのフォルダに保存する方法でも対応できます。
対応が間に合わない場合の猶予措置
システムや社内の体制の整備が間に合わないなどの理由で、上の3つのルールどおりに保存できない場合もあります。その場合でも、次の両方を満たしていれば、ルールにかかわらず電子データを保存しておくことが認められます。
- ルールどおりに保存できなかったことについて、所轄の税務署長が「相当の理由がある」と認めること(人手不足、システム整備の資金不足、整備が間に合わない、といった事情も含まれます)
- 税務調査の際に、電子データのダウンロードの求めと、電子データを印刷した書面の提示・提出の求めの両方に応じられるようにしていること
この猶予措置を受けるために、税務署への事前の申請や届出は必要ありません。ただし、電子データそのものの保存は省略できません。また、体制が整って事情が解消した後に行う電子取引には、原則どおりのルールが適用されます。
届出は必要か
電子取引のデータを保存すること自体には、税務署への事前の届出や承認は必要ありません。
届出が必要になるのは、後で説明する「加算税が軽減される制度(優良な電子帳簿)」や「重加算税の加重措置の対象から外れる制度(令和9年1月1日以後に施行)」を利用する場合です。いずれも、適用を受けようとする国税の法定申告期限までに、使用するシステムなどを記載した届出書を提出する必要があります。
加算税などの取扱い
重加算税の加重
電子取引のデータに関連して隠蔽・仮装があった場合、重加算税が10%加重されます。電子データを削除・改ざんして売上を除外したり、経費を水増ししたりした場合のほか、保存されたデータの内容が取引の実態を表していない場合(架空の取引など)も対象です。消費税についても同様の取扱いがあります。
加重措置の対象から外れる制度(令和9年1月1日以後)
令和7年度の税制改正で、請求書などの電子取引データを自動で保存し、帳簿に自動で連携する仕組みに対応した制度が設けられました。国税庁長官が定める基準に適合するシステムを使い、一定の要件を満たして送受信・保存している電子取引データは、重加算税の加重措置の対象から外れます。前述のとおり、事前の届出が必要です。
ルールどおりに保存していない場合
災害などのやむを得ない事情や、猶予措置の「相当の理由」がないまま、ルールどおりに保存していない場合は、青色申告の承認の取消しの対象となり得ます。ただし、取消しは違反の程度などを総合的に考慮して判断されるもので、直ちに取り消されるものではありません。また、印刷した書面は保存すべき書類として扱われませんが、申告内容が適正かどうかは、税務調査で追加の説明や資料なども含めて総合的に確認されます。
加算税が軽減される制度もあります(優良な電子帳簿)
ここまでは電子取引データの話でしたが、会計ソフトで作る「帳簿」を一定の要件を満たして電子データで保存している場合には、税制上の優遇措置があります。
過少申告加算税の5%軽減
要件を満たす「優良な電子帳簿」に記録された事項について、修正申告や更正があった場合、過少申告加算税の割合が原則の10%から5%に軽減されます。うっかりした入力誤りなどがあった場合の負担が軽くなる制度です。ただし、隠蔽・仮装があった部分には適用されません。
この措置を受けるには、次の点を満たす必要があります。
- 対象となる帳簿(仕訳帳、総勘定元帳、売上帳・経費帳・固定資産台帳など自社で作成している一定の帳簿)をすべて、優良な電子帳簿の要件を満たして保存すること
- 優良な電子帳簿の要件:訂正・削除・追加の履歴が残ること、帳簿どうしの記録が相互に関連づけられていること、日付・金額・相手方で検索できること など
- その課税期間の最初から、優良な電子帳簿として備え付け・保存していること
- 適用を受けようとする国税の法定申告期限までに、届出書を提出していること
公益社団法人日本文書情報マネジメント協会(JIIMA)の認証を受けた会計ソフトは、優良な電子帳簿の機能面の要件を満たしています。ただし、システムの説明書やディスプレイの備え付けなど、機能以外の要件もあわせて満たす必要があります。
個人事業者の青色申告特別控除75万円(令和9年分以後)
個人事業者の方は、「優良な電子帳簿」または前述の「請求書データを帳簿に自動連携する仕組み(デジタルシームレス保存)」のいずれかの要件を満たしたうえで電子申告(e-Tax)を行うと、令和9年分以後の所得税について、青色申告特別控除が65万円から75万円に引き上げられます。正規の簿記の原則による記帳や、貸借対照表・損益計算書の添付など、従来からの要件も必要です。
まとめ
まずは、受け取った電子データを消さずに保存しておくことが大切です。そのうえで、自社の売上高や体制に合わせて、検索要件への対応方法や猶予措置の利用を検討しましょう。当法人では、会社の規模や業務の流れに合わせた保存方法のご相談もお受けしています。
根拠法令・参考リンク
- 電子計算機を使用して作成する国税関係帳簿書類の保存方法等の特例に関する法律(電子帳簿保存法) 第7条(電子取引の取引情報に係る電磁的記録の保存)・第8条|e-Gov法令検索
- 電子帳簿保存法一問一答【電子取引関係】(令和8年7月)|国税庁(PDF)
- 電子帳簿保存法対応!令和6年1月以降の電子取引データの保存方法について(令和6年11月)|国税庁(PDF)
- 電子帳簿等保存制度を活用して、デジタル化をさらに進めてみませんか?(令和8年6月)|国税庁(PDF)
- 優良な電子帳簿のススメ!(令和6年9月)|国税庁(PDF)
- 電子取引関係|国税庁
- 電子帳簿保存法関係|国税庁
※本記事は、2026年10月時点の法令等に基づく一般的な内容です。実際の取扱いは個別の状況によって異なることがありますので、詳しくはご相談ください。