組織再編税制の基本|適格・非適格の違いと注意点

「グループ会社をひとつにまとめたい」「事業ごとに会社を分けたい」。会社が成長したり、事業が増えたりすると、合併や分割を検討する場面が出てきます。

こうした会社の組み替え(組織再編)では、法人税の扱いを定めた「組織再編税制」が関わります。要件を満たすかどうかで、税金がかかるかどうかが大きく変わるため、手続きを決める前の段階で確認しておくことが大切です。この記事では、組織再編税制の基本的な考え方と、中小企業で特に注意したい点をまとめました。

組織再編税制とは
適格かどうかは「会社同士の関係」で決まる
適格でも注意したい「繰越欠損金」の制限
要件を満たしていても、否認されることがある
中小企業でよくある場面と、進め方のポイント
まとめ

組織再編税制とは

組織再編税制の対象になる取引は、法人税法第2条で、合併、分割(分割型分割・分社型分割)、現物出資、現物分配、株式分配、株式交換等、株式移転に分けて定められています。

このうち合併・分割・現物出資・現物分配では、会社の資産や負債が、別の会社や株主に移ります。合併には、すでにある会社が引き継ぐ「吸収合併」と、新しく設立する会社が引き継ぐ「新設合併」があります。合併・現物出資・現物分配について、再編の前と後で会社や株主の関係がどう変わるかを図にすると、次のようになります。図の「再編後」の各社の下には、法人税法第2条で定められた呼び方(合併法人・被合併法人など)を小さく記載しています。

吸収合併・新設合併・現物出資・現物分配について、再編前と再編後の会社と株主の関係を並べた図。吸収合併ではB社が消滅し既存のA社が引き継ぐ。新設合併ではA社とB社がともに消滅し新設のC社が引き継ぐ。現物出資ではA社が土地などをB社に出資してB社の株式を取得し、現物分配ではA社が配当などとして土地などを株主に交付する。各社の下に、合併法人・被合併法人・現物出資法人・被現物出資法人・現物分配法人・被現物分配法人の呼び方を記載

分割は、事業を引き継ぐ会社が、すでにある会社か(吸収分割)、新しく設立する会社か(新設分割)と、分割の対価として受け取る株式を、分割した会社がそのまま持つか(分社型分割)、その株主に交付するか(分割型分割)の組み合わせで、次の4つのパターンに分かれます。

分割の4つのパターンについて、再編前と再編後を並べた図。吸収分割(分社型)では事業②を既存のB社へ移し、B社の株式はA社が受け取る。吸収分割(分割型)では事業②を既存のB社へ移し、B社の株式はA社の株主が受け取る。新設分割(分社型)では事業②を新設のC社へ移し、C社の株式はA社が受け取る。新設分割(分割型)では事業②を新設のC社へ移し、C社の株式はA社の株主が受け取る。各社の下に、分割法人・分割承継法人の呼び方を記載

法人税法では、合併や分割で会社の資産や負債を移したときは、原則として、その時の価額(時価)で譲渡したものとして扱います。たとえば、帳簿上は1,000万円の土地の時価が3,000万円であれば、差額の2,000万円に法人税がかかります。お金のやり取りがなくても、税金が発生することがある点に注意が必要です。

一方で、一定の要件を満たす組織再編は「適格組織再編」とされ、資産や負債を帳簿価額のまま引き継ぎます(分社型分割や現物出資では、帳簿価額で譲渡したものとして扱います)。この場合、移転の時点では譲渡益に課税されず、その資産を将来売却したときなどに課税されます(課税の繰延べ)。

財務省の資料では、再編の前後で経済実態に実質的な変更がない、つまり「移転資産に対する支配が再編成後も継続している」と認められる場合に、課税を繰り延べるという考え方が示されています。適格の要件は、この考え方をもとに定められています。

株式交換等・株式移転・株式分配では、株主と会社の間の株式の関係が変わります。

株式交換等(株式交換・株式併合など)・株式移転・株式分配について、再編前と再編後の株主と会社の関係を並べた図。株式交換ではB社の株主がB社株式をA社株式などと交換し、A社がB社を100%持つ。株式併合などでは少数株主に金銭が交付され、A社がB社を100%持つ。株式移転ではA社の株主がA社株式を新設のH社株式と交換し、H社がA社を100%持つ。株式分配ではA社が100%子会社B社の株式をすべて株主に配り、株主がB社株式を直接持つ。各社の下に、株式交換完全親法人・株式交換完全子法人、株式交換等完全親法人・株式交換等完全子法人、株式移転完全親法人・株式移転完全子法人、現物分配法人・完全子法人・被現物分配法人の呼び方を記載

株式交換等・株式移転では、会社の資産は移りませんが、適格に当たらない場合は、子会社となる会社が持つ一定の資産を時価で評価し直し、評価益(または評価損)を計上する仕組みがあります。ただし、株式交換・株式移転の直前に、もともと100%の関係がある会社同士で行う場合は、適格に当たらなくても、この評価のし直しはありません。

株主の側にも影響があります。適格に当たらない合併(非適格合併)では、合併で交付された金銭や株式のうち一定の部分が配当とみなされ、株主に課税されることがあります(みなし配当)。株主が会社でも個人でも同じです。

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適格かどうかは「会社同士の関係」で決まる

適格になるための要件は、再編を行う会社同士の資本関係によって、大きく3つに分かれます。どの場合も、合併であれば、原則として合併する側の会社(またはその100%親会社)の株式以外の財産(金銭など)を、株主に交付しないことが前提になります。ただし、合併する側の会社が、合併の直前に相手の会社の株式の3分の2以上を持っている場合は、ほかの株主(少数株主)に金銭を交付しても、この要件には反しません。

100%の資本関係がある場合(完全支配関係)

親会社と100%子会社、または同じオーナーが100%持っている会社同士の再編です。要件は最も少なくなっています。同じオーナーが持つ会社同士の場合は、再編後もそのオーナーとの100%の関係が続く見込みであることが求められます。

オーナー個人が株主の場合は、本人だけでなく、親族など一定の関係にある人の持ち株も合わせて判定します。

50%超100%未満の資本関係がある場合(支配関係)

上の要件に加えて、次の点が求められます。

再編前の従業者のおおむね80%以上が、再編後も引き続き業務に従事する見込みであること
主要な事業が、再編後も引き続き行われる見込みであること

分割や現物出資では、移す事業の主要な資産・負債が移転していることも要件になります。

資本関係が50%以下の場合(共同事業)

グループ外の会社との再編です。上の要件に加えて、両社の事業が互いに関連していることが求められます。さらに、事業の規模(売上金額・従業者数など)の差がおおむね5倍を超えないこと、または両社の経営陣(社長・専務など)がそれぞれ再編後の会社でも経営陣に加わる見込みであることのどちらかが必要です。合併では、ほかに、交付を受けた株式を主要な株主が持ち続ける見込みであることなども求められ、要件が最も多くなります。

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適格でも注意したい「繰越欠損金」の制限

適格合併では、合併で消える会社(被合併法人)の繰越欠損金のうち、合併の日の前10年以内に開始した事業年度に生じた未使用のもの(平成30年4月1日より前に開始した事業年度の欠損金は9年)を、合併する側の会社が引き継ぐことができます。

ただし、資本関係(支配関係)ができてから日が浅い会社同士の合併では、制限があります。合併する事業年度の開始の日の5年前の日(会社の設立がそれより後であれば、設立の日)から支配関係が続いていない場合は、一定の要件(みなし共同事業要件)を満たさない限り、支配関係ができる前に生じた欠損金などは引き継げません。合併する側の会社がもともと持っている欠損金や、含み損のある資産を売却したときの損失についても、同じような制限があります。

これは、赤字の会社を買収してすぐに合併し、その欠損金で税金を減らす、といった使い方を防ぐためのルールです。合併をしない場合でも、欠損金のある会社を買収した後に、もとの事業をすべてやめて大きな資金を借り入れるなど一定のことがあると、欠損金が使えなくなる制限があります。グループに入れたばかりの会社との合併を考えるときは、支配関係ができた時期を確認しておきましょう。

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要件を満たしていても、否認されることがある

組織再編税制には、税負担を不当に減らす結果となる行為や計算を、税務署長が否認できる規定(包括的な租税回避防止規定)があります。平成28年2月29日に出された2件の最高裁判所の判決でも、この規定に基づく課税処分が認められています。判決では、否認できるかどうかは、行為が不自然なものかどうかや、税負担を減らすこと以外に合理的な事業上の目的があるかどうかなどから判断するとされています。

形式上の要件を満たしていても、事業上の目的が乏しく、税負担を減らすことが主な目的と見られる再編は、否認される可能性があります。「なぜこの再編を行うのか」という事業上の理由を、記録に残しておくことが大切です。

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中小企業でよくある場面と、進め方のポイント

中小企業では、次のような場面で組織再編が検討されることがあります。

グループ会社を合併して、経理や管理の手間を減らす
分割で事業ごとに会社を分け、事業ごとに管理しやすくする
株式移転で持株会社をつくり、グループの経営をまとめる

組織再編を行った事業年度の法人税の申告書には、合併契約書・分割契約書などの写しや、「組織再編成に係る主要な事項の明細書」を添付する必要があります。

また、法人税のほかに、消費税・登録免許税・不動産取得税などの扱いも確認が必要です。会社法の手続き(株主総会の決議や債権者への公告など)にも一定の期間がかかります。税務と法務の両方のスケジュールを、早めに立てておくと安心です。

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まとめ

組織再編は、要件を満たす「適格組織再編」であれば、資産を帳簿価額で引き継ぐことができ、再編の時点での課税を避けられます。一方で、要件を満たさなければ含み益に課税され、適格であっても繰越欠損金の引継ぎなどに制限がかかる場合があります。

判断のポイントは、会社同士の資本関係と、その関係がいつからあるかです。当法人には国税局資料調査課での勤務経験を持つ税理士が在籍しており、再編の計画段階から、税務上の確認をお手伝いしています。初回の診断・お見積りは無料ですので、お気軽にご相談ください。

※本記事は、2026年10月時点の法令等に基づく一般的な内容です。実際の取扱いは個別の状況によって異なることがありますので、詳しくはご相談ください。

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